美国《科学》杂志社新闻部编撰了一份有关人类基因组序列探索的历史大事年表,从沃森和克里克发现DNA双螺旋结构直到最近人类基因组草图的公开发表——

1953年4月詹姆斯 · 沃森(James Watson)和弗兰西斯 · 克里克(Francis Crick)发现了DNA的双螺旋结构(发表于《自然(Nature)》杂志,以下简称Nature)。

1972年10月保罗 · 伯格(Paul Berg)及其同事创建了第一个重组DNA分子(发表于《美国国家科学院院报》,以下简称PNAS)。

1977年哈佛大学的阿兰 · 马克西姆(Allan Maxam)和沃尔特 · 基尔伯特(Walter Gilbert)以及英国医学研究委员会(MRC)的弗雷德里克 · 桑格(Frederick Sanger)分别独立地研究成功DNA测序的方法(PNAS,2月;PNAS,12月)。

1980年5月麻省理工学院的大卫 · 博特斯特恩(David Botstein)、斯坦福大学的罗纳德 · 戴维斯(Ronald Davis),以及犹他州立大学的马克 · 斯克尔尼克(Mark Skolnick)和雷 · 怀特(Ray White),共同提出了一种方法,在RFLPs(限制性酶切片段长度多态性)的基础上对整个人类基因组进行作图(发表于《美国人类遗传学杂志》,简称AJHG)。

1982年目前在日本RIKEN(日本物理化学研究所)工作的和田秋吉提出进行自动化测序,并且在日立公司的帮助下获得资助进行机器人测序的工作。

1984年5月哥伦比亚大学的查理斯 · 坎特(Charles Cantor)和大卫 · 施瓦兹(David Schwartz)研究成功脉冲场电泳方法(发表于《细胞(Cell)》杂志,简称Cell);7月,英国医学研究委员会(MRC)的科学家解读了170 kb的爱泼斯坦-巴尔(Epstein-Barr)病毒的完整DNA序列(发表于Nature)。

1985年5月罗伯特 · 辛西默(Robert Sinsheimer)在加州大学圣克鲁斯分校主持了一次会议,讨论对人类基因组进行测序的可行性;12月,赛图斯公司的卡利 · 穆里斯(Kary Mullis)及其同事研究成功PCR(聚合酶链反应),一种大量复制DNA的技术(发表于Science)。

1986年2月英国医学研究委员会(MRC)的西德尼 · 布伦纳(Sydney Brenner)呼吁欧盟进行一项对人类基因组进行作图和测序的合作项目,布伦纳还在MRC启动了一项小型的基因组研究计划;3月,美国能源部(DOE)在新墨西哥州的圣达菲市举行了一次会议,讨论对人类基因组进行测序的计划;3月,索尔克研究所的雷纳多 · 杜尔贝卡(Renato Dulbecco)在Science杂志的一篇论文中呼吁对人类基因组进行测序;6月,在纽约州的冷泉港实验室的一次名为“人类(Homosapiens,智人)的分子生物学”的会议上,科学家们对人类基因组计划的利与弊进行了热烈的讨论;6月,加州理工学院的勒罗伊 · 胡德(Leroy Hood)和劳埃德 · 史密斯(Lloyd Smith)及其同事们宣布研制出了第一台自动化DNA测序仪(发表于Nature);9月,查理 · 德里希(Charles Delisi)在美国能源部开始了基因组研究,并在1987年财政年度预算中得到了530万美元的资助。

1987年2月沃尔特 · 基尔伯特从美国国家研究委员会(NRC)基因组分会辞职,并宣布计划成立基因组公司(Genome Corp.),该公司的目标是对人类基因组进行测序和申请知识产权保护、销售这些数据以获得利益;4月,一个顾问小组建议美国能源部(DOE)应该在接下来的7年中投资10亿美元对人类基因组进行作图和测序、DOE应该在美国的基因组研究中起到领导性的作用。DOE的人类基因组研究计划正式启动;5月,华盛顿大学圣路易斯分校的大卫 · 伯克(David Burke)、梅纳德 · 奥尔森(Maynard Olson)和乔治 · 卡尔(George Carle)建立了用作克隆载体的YACs(酵母人工染色体),使可插入的序列长度增加10倍(发表于Science);10月,协作研究公司(Collaborative Research Inc.)的海伦 · 多尼斯-凯勒及其同事们发表了“第一幅”由403个标记物组成的遗传图谱,激发了一场关于荣誉和优先权的争论(发表于Cell);10月,杜邦公司的科学家们建立了一个使用荧光链终止双脱氧核苷酸的快速DNA测序系统,应用生物系统公司(Applied Biosystems Inc.)将其第一台自动化测序仪器(基于胡德的技术)投放市场。

1988年2月在一份关键性的报告中,美国国家研究委员会(NRC)签署了人类基因组计划(HGP),呼吁使用一种分阶段目标完成的办法,投资迅速相应增加到一年2亿美元;3月,在弗吉尼亚州莱斯顿市举行的一次会议上,在顾问们的鼓励下,时任美国国立卫生研究院院长的詹姆斯 · 韦恩伽登(James Wyngaarden)决定:国立卫生研究院应该在HGP中成为一个主要的成员,有效地从能源部手中夺得对该计划的领导权;6月,第一次年度基因组会议在冷泉港实验室举行;9月,NIH成立了人类基因组研究办公室、选举沃森出任其负责人。沃森宣称,基因组计划的预算的3%将被用于研究基因组计划的社会和伦理学问题;10月,NIH和DOE签署了一份谅解备忘录,同意在人类基因组计划上进行合作。

1989年1月洛克菲勒大学的诺顿 · 津德尔(Norton Zinder)主持了第一次人类基因组计划项目顾问委员会会议;9月,奥尔森、胡德、博特斯特恩和坎特提出了一种新的、使用STSs(序列标签位点)的作图战略(发表于Science);9月,DOE和NIH成立了一个关于人类基因组计划的伦理、法律和社会影响的联合委员会;10月,NIH管理人类基因组计划的办公室升格为国立人类基因组研究中心(NCHGR),具有了资助授予权。

1990年三个研究小组成功创建毛细管电泳技术,第一个小组由劳埃德 · 史密斯(Lloyd Smith)领导(发表于《核酸研究》8月号),第二个小组由巴里 · 卡格尔(Barry Karger)领导(发表于《分析化学》1月号),第三个小组由诺曼 · 多维奇(Norman Dovichi)领导(发表于《色谱学杂志》9月号);4月,NIH和DOE发表了一份五年计划。计划的目标包括:一份完成的遗传图、一份每100 kb有一个标记物的物理图、和在2005年前对一些模式生物体中的一个20 Mb的DNA集合体进行测序;8月,NIH开始对四种模式生物体进行大规模测序试验:支原体菌(Mycoplasma capricolum)、大肠杆菌(Escherichia coli)、美丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。每个研究小组都同意在三年内以每个碱基75美分的价格完成3Mb长的序列的测序;10月,NIH和DOE宣布:10月1日为人类基因组计划的官方起始时间;10月,美国国立生物技术信息中心(NCBI)的大卫 · 利普曼(David Lipman)、尤金 · 梅耶(Eugene Myers)及其同事们发表了对序列进行排序比对的BLAST算法(发表于《分子生物学杂志(JBC)》)。

1991年6月NIH的生物学家克雷格 · 温特(J.Craig Venter)在Science上发表的一篇论文中提出了一种使用ESTs(表达序列标签)来发现表达基因的战略。一个月以后,当温特披露NIH正在对数以千计的这些不完整基因申请专利保护后,在美国国会的一次听证会上引起了一场争论;10月,日本水稻基因组测序计划开始;12月,田纳西州橡树岭国家实验室的爱德华 · 乌伯巴赫(Edward Uberbacher)研制出了第一套多基因发现软件GRAIL(发表于PNAS)。

1992年4月在与时任NIH院长的伯纳德因 · 希利(Bernadine Healy)对不完整基因的专利问题进行了一场争论后,沃森辞去了NCHGR的中心主任之职;6月,温特离开NIH,在马里兰州罗克维尔创办了一个非赢利性的研究所:基因组学研究所(TIGR)。威廉 · 哈斯尔汀(William Haseltine)则领导着TIGR的姐妹公司:人类基因组科学公司(Human Genome Sciences),对TIGR的产品进行商业化运作;7月,英国的维尔康姆信托公司(Wellcome Trust)以9500万美元的投资进入人类基因组计划;9月,加州理工学院的梅尔 · 西蒙(Mel Simon)及其同事们构建了克隆基因中使用的BACs(细菌人工染色体)(发表于PNAS);10月,美国和法国的多个研究小组共同完成了第一幅染色体的物理图:怀特福德研究所(Whitehead Institute)的大卫 · 佩奇(David Page)及其同事完成的是Y染色体的物理图(发表于Science),法国人类多态性研究中心(CEPH)和基因马拉松(Genethon)公司的丹尼尔 · 科恩(Daniel Cohen)及其同事们完成的是第21条染色体的物理图(发表于Nature);12月,经过长时间的争论,NIH和DOE发布了数据和资源共享的有关规定,鼓励数据的快速分享,并使研究者们可以保持数据不公开达6个月;美国和法国的研究小组完成了小鼠和人类的遗传图谱:由怀特福德研究所的埃里克 · 兰德(Eric Lander)及其同事们完成的是平均标记物跨度为4.3 cM(厘摩)的小鼠遗传图(发表于《遗传学》(Genetics)杂志6月号);CEPH的琼 · 魏森巴赫(Jean Weissenbach)及其同事们完成的是平均标记物跨度为5 cM的人类遗传图(发表于10月的Nature)。

1993年4月密歇根大学的弗兰西斯 · 柯林斯(Francis Collins)被任命为NCHGR的中心主任;10月,NIH和DOE发表了一份1993至1998年工作计划的修订稿,其工作目标包括在1998年底完成对80 Mb的DNA的测序和在2005年前完成整个人类基因组的测序;10月,英国的维尔康姆信托公司和MRC向人类基因组研究界开放桑格中心(Sanger Centre),该中心位于南剑桥郡,由约翰 · 萨尔斯顿(John Sulston)领导,成为国际人类基因组计划联盟的主要测序实验室之一;10月,著名的Gen Bank数据库正式从洛斯 · 阿拉莫斯实验室搬到了国立生物技术信息中心(NCBI),从而结束了NIH和DOE对其管理权的争端。

1994年9月依阿华大学的杰弗里 · 默雷(Jeffrey Murray)、基因马拉松公司的科恩(Cohen)及其同事们发表了一幅完整的人类基因组的遗传连锁图,其标记物的平均跨度为0.7 cM(发表于Science)。

1995年5月~8月加州大学伯克莱分校和阿姆山(Amersham)公司的理查德 · 玛歇斯(Richard Mathies)及其同事们研制出改进了的测序染液(发表于5月份的PNAS),阿姆山公司的米歇尔 · 利弗(Michael Reeve)和卡尔 · 富勒(Carl Fuller)研制出热稳定聚合酶(发表于8月的Nature);7月,TIGR的温特和克莱尔 · 弗雷泽(Claire Fraser)与约翰 · 霍普金斯大学的汉密尔顿 · 史密斯(Hamilton Smith)一起发表了第一个自由生存的微生物——流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)长度为1.8 Mb的全序列(发表于Science);9月,日本政府对以下几所大学的几个测序小组给予了5年共计1590万美元的资助:东海大学、东京大学和庆应大学;10月,斯坦福大学的帕特里克 · 布朗(Patrick Brown)及其同事们发表使用互补DNA(cDNA)探针的印制玻璃微阵列的第一篇论文(发表于Science);12月,怀特福特研究所和Genethon公司的研究人员(由怀特福特研究所的兰德和托马斯 · 哈得逊领导)发表了一幅由15000个标记物组成的人类基因组物理图(发表于Science)。

1996年2月在百摩大举行的一次由维尔康姆信托公司资助的会议上,国际人类基因组计划的参与者们同意在24小时内将测序数据在公共数据库中予以公布;4月,NIH资助了六个小组进行人类基因组的大规模测序;4月,Affymetrix公司使DNA芯片可以从商业渠道获得;9月,DOE启动了六项试点计划项目,以总数500万美元资助对BAC(细菌人工染色体)克隆的末端进行测序;10月,一个国际研究联盟公开发布了酿酒酵母(S. cerevisiae)的全基因组序列(发表于Science);11月,日本理化研究所(RIKEN)的林崎吉秀小组完成了第一套全长小鼠cDNA。

1997年1月NCHGR升格为国立人类基因组研究所(NHGRI),DOE建立了联合基因组研究所(JGI);9月,弗雷德 · 布拉特纳(Fred Blattner)、盖伊 · 普朗基特(Guy Plunkett)和他们在麦迪逊威斯康星大学的同事们完成了5 Mb的大肠杆菌(E.coli)DNA序列测序(发表于Science);9月,分子动力学(Molecular Dynamics)公司研制出了第一台毛细管电泳测序仪MegaBACE。

1998年1月NIH宣布启动一项新的发现SNPs(单核苷酸多态性)的计划;2月,来自日本、美国、欧盟、中国和南韩的代表们在日本筑波开会,共商对水稻基因组进行测序的一项国际合作项目的有关事宜;3月,华盛顿大学的菲尔 · 格林(Phil Green)和布伦特 · 尤因(Brent Ewing)及其同事们发表了一套称之为phred的自动化阐释测序仪数据的程序(Genetic Research公司出品)。phred和其姐妹程序phrap(用于序列拼接)自从1995年以来都得到了广泛应用;5月,PE生物系统公司研制出了PE Prism 3700毛细管测序仪;5月,温特宣布成立一个称为塞莱拉(Celera)的新公司,并宣称该公司将在3年内用3亿美元完成对人类基因组的测序;5月,作为(对温特的)回答,维尔康姆信托公司将其对人类基因组计划的资助加倍到3.3亿美元,从而负担起了测序任务的三分之一;10月,NIH和DOE决定加速(官方)人类基因组计划的进程,提出了一项新目标:在2001年前制作一幅人类基因组的“工作草图”,他们还将完成的草图的完成日期从2005年提前到2003年;12月,桑格中心的萨尔斯顿和华盛顿大学的罗伯特 · 沃特斯顿(Robert Waterston)及其同事们完成了美丽隐杆线虫(C. elegans)的基因组序列测序(发表于Science)。

1999年3月NIH再次将人类基因组的粗略草图的完成日期提前到2000年春。为此而进行的大规模测序研究集中在以下机构的研究中心:怀特福德研究所、华盛顿大学、贝勒医学院、桑格中心和DOE的联合基因组研究所(JGI);4月,10个公司和维尔康姆信托公司组织了一个SNP(单核苷酸多态性)的研究联盟,计划每个季度公开发布一次研究数据;9月,NIH启动了一项对小鼠基因组进行测序的计划,其投资额为3年内共投入1.3亿美元;12月,英国、日本和美国的研究人员们完成了人类第22号染色体的第一套序列的测序(发表于Nature)。

2000年3月塞莱拉公司及其学术合作者们完成了对黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)的180 Mb基因组的测序,这是到当时为止完成的最大基因组从而证明了温特提出的引起极大争议的全基因组鸟枪测序法的有效性(发表于Science);3月,由于对数据发布政策的意见不一致,官方的人类基因组计划与塞莱拉公司的许多合作计划在投资显著削减中崩解;5月,由德国和日本研究人员领导的人类基因组计划联盟发表了人类第21号染色体的完整序列(发表于Nature);6月,在白宫的一次会议上,官方的HGP和塞莱拉公司联合发布人类基因组序列的工作草图,宣告了他们之间长期争执的终结,并承诺同时发表他们各自的序列图;10月,DOE和MRC启动了一项合作计划;在2001年3月前完成对河豚鱼的基因组测序;12月,一个国际研究联盟完成了对第一种植物:125 Mb的拟南芥菜(Arabidopsis thaliana)的测序(发表于Nature);12月,官方HGP与塞莱拉公司在Science上合作发表的计划破灭,官方HGP将他们的论文寄往了Nature杂志。

2001年2月国际HGP联盟在Nature(2月15日)上发表他们的人类基因组工作草图,而塞莱拉公司则在Science(2月16日)上发表他们的人类基因组草图。

[Science,2001年2月9日]