图为蒲慕明
蒲慕明(美国加州大学伯克莱分校分子和细胞生物学教授)在《建立中国的科研机构一文化的反思》中认为：
进入21世纪，中国经济的蓬勃发展，政府对基础和应用研究经费投人的稳定增长，以及整个社会对科学发展重要性的认识，都表明了在中国建立和持续发展科学研究机制的大好时机终于来临。然而基于过去二十年在中国参与建立一些科研机构的经历，蒲慕明越来越认识到中国研究机构在国际上取得卓越地位的障碍也许不是来自经济因素，而是文化因素。
蒲慕明提出了以下几个值得重视的问题：
权威与创新
墨守成规和等级森严的儒家传统，给现代中国社会遗留了长远的阴影。在过去的几十年中，权威统治和遵奉心态造成的氛围，无助于形成一个培育个人创造力的社会环境，而个人创造力是科学探索的关键。听从老师的活和接受经典论著的教条是儒家教育的基础。这种教育模式是科学突破和技术创新的一个主要障碍。
现在更应该强调的观念是，激励学生追求知识的热忱重于传授知识本身，学生对教科书和教师的话也可以质疑，并能养成在课堂内外提问的习惯。对现有的证据、假设、概念提出的挑战，无论是多么幼稚和薄弱，都应该受到鼓励和严肃的对待。
蒲慕明认为，与西方发展相比，中国的研究项目经常被誉为“填补了中国科学的空白”。如果研究方式总是沿着现有的思路和与西方相似的模式，将导致不利的竞争地位。中国的同事经常抱怨他们的工作结果得不到认可，而在西方国家做相同的工作，却可在高质量的刊物上发表。对科学前沿重要问题有攻关的信心和胆识，是通向科学重大发现并得到国际认可的关键。
鼓励批评性的学术交流
在中国的学术界有一个普遍的问题，就是科学家之间缺少公开的批评性的学术交流。应当让学术研讨会不仅仅是友谊性的聚会，而是使人受益的学术活动。
这也反映在学术论文向国际刊物投稿的问题上。虽然审稿人的批评性意见初看起来似乎是不公正的、有敌意的，我们也应该把这些评语视为提高我们工作质量的建设性意见。当稿件被拒时，应该去反省工作中的不足，回到实验室做更深入的工作，而不是不作多少改进就寄往另一个杂志。一个实例就是近几年上海神经科学研究所在高水准杂志上发表的文章数量大幅度提高。这是因为研究人员在文章被拒后，不断采取进一步实验，提高工作水平，使稿件终于达到高质量杂志的水平。
总之，对学术批评的正面态度将有助于建立这样一种科学文化，即科学的真实性比“顾面子”重要得多，而且负面的评语不总被认为是人身攻击。过度的礼貌和谦虚可能在一个传统的中国家庭维持儒家式规范是必要的，但对于一个研究单位是有害的。同事间批评性的坦诚建议对一个科学家的成长是极其重要的。例如，每年“全所学术研讨会”可以为培育批评交流的气氛提供一个好机会。如果组织者在会前特别强调批评性甚至反面的评论都将视为建设性的意见，坦诚交流气氛将会有所提高。
必要的紧迫感
在世界一流的研究机构里，总有一种“必要的紧迫感(essential tension) ”，使得科学家全身心地投人到解决所面临的科学问题。这种紧迫感可来自科学家要提升自己的渴望、周围同事和学生的挑战、同行的竞争，或者仅是“不发表，就完蛋(publish or perish)”的压力。一个“困境中孕育创造力”的学术环境，对所有形式的创造活动，包括科学发现和技术创新，都是非常重要的。中国学生和研究人员的聪慧、勤奋及良好的训练，已受到国际科学界普遍的赞赏。但是，正是那种“必要的紧迫感”才使他们能迅速地成为世界各主要研究机构中的高产出者。
中国的许多研究机构都有很多这样的学生和研究人员。我们相信，当这些机构提供了合适的环境后，“中国制造”的重大学术成就会很快出现的。
排除非科学性障碍
对行政性的制约和繁琐的抱怨是世界上的普遍现象。但对中国科学家来说，还有额外的障碍。科学研究就像很多其他社会现象一样，是在政府直接的规划下进行的。
政府主要资金的使用采用自上而下的方式，造成了各个层面的科研行政部门具有庞大责任和权力。科研机构的行政人员经常充当“指挥者”’，控制经费资源，下达指令，而不是对科学家提供服务。对行政体系进行实质性的改革，包括减少人员、提高行政效率、在财政审计合理的制约下简化预算和核算的程序，将是科研部门行政机构改革的重要步骤。
以业绩为准的评估
一个科研机构的水平主要取决于能否建立以业绩为标准的聘任、晋升和资源分配制度。在过去，中国科研人员的学术生涯并不直接与其业绩挂钩。不管业绩如何，政府对一个科学家从大学毕业直至退休是“全程照顾”，结果造成了研究人员缺乏压力和动力去提升科研成果。
现在很多科研机构开始试行改革，通过对研究人员的定期考评来打破“铁饭碗”。这些考评能达到的实际效果如何尚不清楚。成功地进行以业绩为准的考核体系，首先需要能对科研业绩进行客观评估，且对评审者的身份能够保密。除各学术领域中合格的评审专家不足外，缺乏保密性常使得客观的评审非常困难。广泛地聘请国际同行评议，是目前国际上主要研究机构普遍采用的方法，这对解决客观评估的困难会有所帮助。
长远的目标
西方国家各个科学领域都在飞快地发展，其中包括了近年来众多海外中国科学家的贡献，这对中国科研机构的发展构成了严峻的挑战。对那些尚未解决的重大科学问题，我们是否有足够的资源和决心去和强大的西方研究机构竞争？仅靠组织和动员科学家们对某一具体规定的共同目标进行攻关，是不一定能在科学上取得成效的。
现代生物学历史清楚表明，重大问题的突破大多来自于那些追求自己研究兴趣的小实验室。因此，科研机构的主要任务是提供一个稳定和优越的环境，让科学家可以自由地探索他们自己感兴趣的科研问题，并提供一些机制鼓励引导他们从不同方向对重大科学问题进行探索。
沿着西方主流实验室目前的研究方向去和他们竞争是极不利的，也很可能浪费资源。偏离主流影响、形成自己独特的科研方向是需要时间的，也需要科学家和科研行政管理者的耐心和坚持。此外，许多中国科学家所感到的学术上的孤立可能是两面的。与主流学术圈的相对孤立，可以有更多的空间去独立思考和开辟独特的科研途径。总之，科学也可能像物种进化那样，通过“绚烂的孤立(splendid isolation)”而发展。
有一个曾引起很多中国文明史学家感兴趣的问题，就是为什么现代科学是在欧洲得到发展而不是在中国，尽管在早期中国文明中已经清晰地出现了科学和技术的源头。经过几十年中国科学和技术史的研究，李约瑟得出的结论是中国形式的“官僚封建制度”阻碍了现代科学的发展。在新世纪，中国面临的挑战就是怎样克服一些残余旧文化的约束，使科研机构能得到飞跃的发展。