新技术产生癌细胞（背景部分）的详细蛋白表达图谱（嵌入部分）
在2014年1月15日出版的《科学转化医学》期刊上，美国马萨诸塞州总医院的研究人员描述了一种采用少量细胞样本表征深度蛋白质的新方法：一种携带光致裂DNA的抗体条形码（ABCD）平台，首次涉及让收集到的细胞通过一种微流体装置，结合抗体分离出感兴趣的（癌）细胞。
在确认ABCD平台作为癌细胞图谱分析工具之前，该平台甚至能对单个细胞中的蛋白表达进行精确图谱分析，无论病人在接受治疗之前还是之后。该论文通信作者、马萨诸塞州总医院系统生物学中心负责人拉尔夫·韦斯莱达（Ralph Weissleder）说：“这项技术的优点在于用较少量的细胞做更全面的分析。”
传统的从癌症样品中分析蛋白表达水平不仅耗时，而且需要大量的组织样本，有时甚至需要补充采样。相比之下，ABCD平台可以在几个小时的时间里完成分析，而且无需补充采样（传统的分析方法则需要几天的时间）。
纽约长老会医院的马克·鲁宾（Mark Rubin）说：“在这项研究中，人们可以非常灵敏地筛选或组合使用多种供选择的抗体。同时，这种无需扩增样品的技术还能减少有时不得不人为增强信号的工作。”
研究人员选择了90多种抗体进行组合，即那些既能涵盖与肿瘤相关联的或在诊断中经常被使用的蛋白质，同时又能涵盖对照组的蛋白质。论文共同作者、马萨诸塞州总医院系统生物学中心癌症项目负责人塞萨尔·卡斯特罗（Cesar Castro）认为，抗癌药物往往会导致大量的连锁反应，有时意想不到的通道是最有可能受药物治疗的影响。“在10个左右的免疫组织化学标记物里，你是看不到这种反应的，由此会失去许多信息。”而ABCD平台可以显著地增加标记物的数量。“我们在研究这些通道上的关键节点的同时，还能够研究其他相关的通道。”卡斯特罗说。
在分析样品RNA、DNA和蛋白质水平过程中，传统的方法把样品分为两半，一半用于RNA和DNA研究，另一半用于蛋白质研究。由于分割后的样品可能不完全同质，科学家所看到的表达图谱不一定精准。通过ABCD平台，就可以在同一细胞样品中检验DNA、RNA和蛋白质。韦斯莱达说：“这种技术让你能够在同一时间框架内进行癌细胞整体图谱分析。”
对病人而言，ABCD平台的特征就是用少量细胞观测蛋白表达水平，以此降低穿刺――提取大量的细胞――引发感染的风险。“在日常的精准施药操作中，我们有一些不得不面对的困难，”鲁宾说，“我们对病人肿瘤细胞中的基因变化必须判断准确，同时我们还应该尽可能以创伤最小的方式做到这一切。而这种技术恰恰可以应对这些挑战。”
ABCD平台虽然已经获得概念上的验证，但专家们一致认为，这种技术还需进一步检验。“初步观察结果只能说明该技术是有用的，”鲁宾说，“它需要接受进一步的严格测试，需要被证实在其他实验室也同样有效。”
美国克利夫兰诊所勒纳研究所的杰里米·里奇（Jeremy Rich）警告说，由于ABCD平台的大部分工作是细胞源性的或只做过为数不多的临床试验，如果该技术在更大规模上进行测试的话，也许不会那么一帆风顺。
资料来源 The Scientist
责任编辑 则 鸣