有科学家称，他们在发表了几篇反映生物技术农作物的负面作用的论文后，受到了一些来自同行们的尖锐攻击。例如，在2002年10月，来自加州拉霍亚索尔克研究所的大卫·舒伯特（David Schubert）在《自然·生物技术》的述评栏目中提出，人们对于将基因插入植物细胞中所带来的潜在的、意外的分子效应还没有给予足够的注意。

 

　　几乎是同时，他就收到了接二连三的一大堆来自世界各地的邮件，“我还从来没有收到过针对一种学术见解的如此污秽的回复，”舒伯特称。人们直接向索尔克研究所提出了控诉。结果，一位负责人把他叫进了办公室，告诉他研究所资助他的研究经费处于很危险的状况。他说：“我写作过数百篇文章，其中有些是存有争议的，但是，还从来没有这样直接的回复。”从那以后，舒伯特放弃了对有关生物技术的公开言论。

 

　　《自然·生物技术》发表了一篇由18人署名的、针对舒伯特的批评文章，告诫说：“即使是善良的科学家也会误人子弟，尤其是他们离开他们专长的领域、在他们没有研究过相关文献的情况下发表见解的时候。”亨利·米勒（Henry Miller）工作于斯坦福大学的胡佛研究所，他也是罗西——马歇尔论文的批评者，他对《自然》记者说：“[舒伯特]是一位杰出的免疫学家，他怎么说都不是农业生物技术方面的专家。”但是，舒伯特却认为这是一种偏见，他说：“制造转基因植物所使用的基本技术是基于细菌和动物细胞而发明的，我的实验室每天都在使用这些技术。”

 

　　2007年9月，图森市的亚利桑那大学的一位昆虫学家布鲁斯·塔巴休尼克（Bruce Tabashnik）正在修改他的一篇论文，提出了一些昆虫对转苏云金杆菌基因（又称转Bt基因）棉花的抗性的证据。不久，他收到了来自阿拉巴马奥本大学的一位昆虫学家威廉·莫瓦尔（William Moar）的一封电子邮件，警告他该论文带来的结果会是“灾难性的”。他写道：“你的观点……将会成为许多特殊利益集团所需要的弹药库……请姑且想想关于‘大王蝶与转Bt基因作物’的故事并考虑论文将可能带来的反响和混乱。”不久，塔巴休尼克的论文在《自然·生物技术》上发表了。

 

　　莫瓦尔现供职于位于密苏里州圣路易市的著名的转Bt基因玉米（及其他农作物）制造商孟山都公司，他曾在多个会议上对这篇论文进行了批评，并在《自然·生物技术》的“学者通信”栏目中提出了异议，指出塔巴休尼克所做的比较和结论是基于实验室测量的结果，从科学上来说是不正确的，因为昆虫抗性的证据必须是最终来自于野外的研究。塔巴休尼克则说：“我们论文所得出的精确分析是建立在针对所有相关数据的系统、客观的分析基础上的。”

 

　　安东尼·谢尔顿（Anthony Shelton）是莫瓦尔信件中的作者之一，来自纽约州日内瓦城的康奈尔大学的一位昆虫学家。2009年，他又做出类似的行动，向丹麦阿尔胡斯大学的一位生态学家伽柏·洛维（Gabor L vei）与两位合作者完成的一篇综述文章提出了异议。洛维的文章核验了相关的实验室结果，试图说明基因工程化的农作物在杀死害虫的同时会影响到那些正常情况下以这些害虫为食的捕食生物和寄生生物。他们发现，这类影响有些是阴性的、有些是阳性的，是其他综述所没有报道过的。洛维和他的同事们认为，他们的方法提供了一种对文献的更为精确的总结，因为它直接对那些发表了的论文中的数据进行检验，而不是只满足于依赖作者的结论。

 

　　洛维的论文被《环境昆虫学》接受。但是就在2009年1月，即论文发表的前3个月，谢尔顿和3位同事收到了他们的作者之一的证据。因而在洛维论文定稿后的几天，谢尔顿拟写了一篇反驳文章。长达6页的批评文章称其“负面偏差”、“是错误的”和“不妥的”。文章指出，作者们并没有区分开那些由生物技术农作物饲养的捕食生物和寄生生物是被这些植物的毒素所害呢，还是被它们所捕食的生物的健康所戕？洛维和他的合作者们则认为，他们希望在《环境昆虫学》的10月号上为他们（以前）的论文作辩护，并同意这些区分本来是有用的，但是那并不会因此改变他们的结论。

 

　　谢尔顿指出，他和他的小组想要抵制洛维的工作可能会对政策的制定产生影响，尤其是在当时，欧洲食品安全管理局正在起草一项对转基因植物的非计划性影响的风险评估。谢尔顿说：“我希望我们的管理人员们会将洛维的论文放在办公桌上，并且说‘我们已经对审批方法进行了复核’”。

 

　　出版《环境昆虫学》的美国昆虫学会的一位要求不公开姓名的编辑说，谢尔顿的批评是一种“过度反应的方式”；然而谢尔顿对此持否定态度。“他们似乎在用一种对任何不利于基因工程生物的反映持不良偏见的目光来阅读该文章。”他补充说，“过去，我一直对基因工程植物和微生物的一些问题持批评态度，但是我一直认为他们是有保证的、是基于科学数据的。……我也是美国昆虫学会的一位编辑，我认为我们的反应并不是一种‘过度反应的方式’。”作为一位编辑，他们可能习惯于拒绝那些由于它们的质量而对基因工程生物形成支持的文章，“问题的两面（阴性抑或是阳性）都会导致谬误的科学。”

 

　　当被要求列出一篇反映生物技术作物负面影响的好文章时，《自然》的大多数批评家们说他们无法举出任何一篇。莫瓦尔说：“我还没有读到有关于转Bt基因作物的负面影响方面的、不易推翻的确凿数据。”但是，雅典的乔治亚大学的韦恩·帕洛特（Wayne Parrott）却说：“有大量关于生物技术安全研究的文献发表，并且没有受到任何攻击，尤其是这些回答并不是每个人都喜欢的。”