文艺复兴
文艺复兴，按原文字面上的理解是“再生”的意思。这个时期被称作是发现了现世及人生价值的年代。有些人过分简单地把这个时期的开始定在1453年5月29日土耳其人攻陷君士坦丁堡之日。事实上，这段时期应从1300年起到1650年为止。造成欧洲文学、社会、经济和政治的复杂变化的因素很多，不能单纯归于某一个原因。在十二世纪末期，中世纪的封建制度和神圣罗马帝国等社会结构，以及某些权威的概念，如统一的宗教、高贵的禁欲主义、教皇的绝对权威等，都已经日益腐朽。促进文艺的复兴和科学的进步的重要因素，有商业的再兴起，城市的产生，有声望的学术保护人的作用，以及火药和印刷术的发明等等。生物学和医学在重现了的古希腊思想的影响下获得了进步。这种思想认为，人的身体确实是非常美的，是值得研究的；自然界是复杂的，但它受到某些自然规律的支配。随着新大陆的发现，那里的一些新的动植物当然是古希腊时代的希波克拉底（Hippocrates）和盖仑（Galen）所绝对不知道的。这便使当时只知对照古本的生物学家们惘然不知所措。
艺术和解剖学
在文艺复兴时代，生物学的进步主要是在植物学与解剖学上。医学与艺术的发展都需要精确的解剖学知识。当时，在艺术上出现了一种新的倾向，强调精确地再现自然，科学地应用透视关系。而首要的是出现了这样一种观点：人体是美丽的，是值得研究的。
文艺复兴时代伟大的艺术家们把人体看作是上帝创造的最完善的杰作。对他们来说，仅有人体外部的知识是不够的，他们还想知道肌肉和骨骼的运动以及它们和身体内部的联系。为了使他们的作品达到现实主义的高度，许多艺术家转而学习解剖学。他们相信对尸体的解剖有利于更真实地表现生命体。列奥纳多 · 达 · 芬奇（Leonardo da Vinci）是一位出类拔萃的学者，他是画家、建筑师和解剖学家。为了艺术的发展，他与同时代的一些多才多艺的发明家和艺术家一样，热心地钻研自然界。列奥纳多 · 达 · 芬奇（1452 ~ 1519）：文艺复兴的完人。
列奥纳多的笔记表明他超越时代好几百年。设想下列的情况是很吸引人的：如果他发表了或者甚至完成了他为自己制定的雄心勃勃的计划，他也许会使科学的几个领域发生革命性的变化。虽然当时确有许多杰出的人物，但列奥纳多显然大大地超过他们，因此把他称为那个时代一般的优秀人物的典型，似乎还低了一点。他的工作表明了即便在十五世纪，只要有合适的条件，一个具有无比天才的人物可以做出多么伟大的事业。
列奥纳多虽然不是一个真正的自然科学家，但他认为艺术的基础应建在研究自然科学上。这使他比许多同时代的“科学家”更接近于科学方法的现代概念。他观察着自然的细节及其变化。他的思想不停顿地从天文学转到解剖学，从音乐转到机器。他认为地球可能是围绕着太阳转的，这个思想也许曾引起过哥白尼的注意。他对音乐和画图的研究导致了关于声波和光波的猜想。在更切合实际的一些场合，他描述了可以用年轮来确定树木的年龄，并且还论述了化石贝壳的本质。
由于艺术创作的需要，他首先研究了人体的外形，而后又自然而然地进行了人类大体解剖学的研究，还做了比较解剖学的实验。通过解剖和实验，他相信他将能揭示支配人类运动甚至是支配人类生命的机制。他以一个艺术家的身份开始研究解剖，但却以一个自然科学家的身份继续这种研究。他不停留于把解剖学的知识应用于艺术上，而认为它本身就是值得研究的一门科学。只要有可能，他就参加公开的解剖演示，他还曾得到允许在佛罗伦萨的—所医院里研究尸体。另外，他还可以通过秘密的盗墓者来补充他的研究材料。他至少解剖过30具尸体。他曾有趣地将一个7个月的胎儿和一个活了100岁的老人的尸体解剖，加以比较。这样的研究符合他偏爱独一无二、荒唐怪诞事物的性格。
列奥纳多作了许多关于肌肉及其组合的模型，通过研究，了解肌肉的活动。他发展了心脏活瓣的模型，并且进行了活体解剖来研究心脏的跳动。例如，他切开猪的胸壁，用大头针撑开切口观察心脏的跳动。虽然他认识到心脏实际上是一块非常有力的肌肉，但总的来说，他还是接受了盖仑有关血液循环的观点，也包括想象中的心脏中隔上具有微孔的概念。
列奥纳多的方法并没有都被人知道。他是第一个用热蜡注入脑室空腔制成蜡制脑室模型的人。当蜡凝固后，就有可能对这精细的组织进行仔细的解剖。他创造了连续切片法，并且发展了其它的关于研究软组织的技术。如在研究眼睛时，为了便于工作，他把眼球浸在蛋白中，然后加热。蛋白凝固后，便可用连续切片来了解眼睛的构造了。同样是为了科学与艺术，他解剖过鼠、苍蝇、鱼、蛙、鳄鱼、鸟、马、牛、羊、熊、狮子、狗、猫、猴子、鸡胚和小牛。这类研究自亚里士多德和盖仑以来还是第一次，它为比较解剖学的研究认真地开发了有利条件。虽然他的计划从来也没有完成过，但为了实现在米兰（Milan）建造罗多范克 · 斯福塞（Lodovico Sforza）骑士雕像的计划，他广泛地研究了马的形象，并对马和人的四肢及运动进行了比较。
正像他的其它许多计划一样，列奥纳多那庞大的人体解剖著作也未能完成。他去世后，手稿散失在各个不同的图书室中，有的也许丢失了。有许多解剖学的研究在他死了几百年后还是无人知道。虽然列奥纳多可能已经间接地影响了解剖学，但他的绝大部分工作仍是个尚待揭开的秘密。他充分地具有一个伟大科学家所必需的好奇心和技艺，但不知怎么，他却缺乏不屈不挠的坚持性，不能充分地利用他的精力来产生与他天才相当的巨大影响。
文艺复兴时期的解剖学
在文艺复兴时期，人们对医学与艺术的概念与现在的完全不同。当时，这些领域是这样紧密地联系在一起，以至于在佛罗伦萨，艺术家、医生和药剂师都是同一个行会的成员。真正的解剖图出现在十六世纪。当然，再古一些的书上也已经有了这种图画。但是，这些画一般都是尸体解剖的外形、“受伤的人”以及占星术的图画。一般解剖学教科书上的第一幅画，往往充满艺术性而缺乏准确性，是稀奇古怪的而不是一目了然的。当兴奋激动的人们掀开了皮肤显示出内部的器官时，课文上却漫不经心地谈起一些别的事情。甚至像列奥纳多这样一个身兼科学家和艺术家品质而具有敏锐观察力的天才、仍然常有错误的观察和解释。随着第一手材料的增加，有些人抱怨那些错误的描绘将会把学生引离真实的解剖。
在中世纪后期和文艺复兴前期尽管有了一些进步，但是，进行人体解剖甚至即使是观察人体解剖的机会仍是很稀少的。即使在进行公开的解剖实验时，在那种刻板的形式下，人们几乎不能得到任何新的发现，一般的学生也不会受到鼓舞去进行创造性的研究。按照经院模式训练出来的教授，他本人并不亲自动手，而由助理人员按照他所读的盖仑论述进行尸体解剖。如果教授的朗读和助理人员的操作是同步合拍的，学生们还能看到一些如教授描述的器官。但是，在这拥挤得像竞技场一样的房间里，由没受过教育的助理人员进行操作，即使这一点也很难做到。因此一般的学生宁愿进行学术上的争论，也不愿观看这种实验表演。
文艺复兴时代的解剖学家为许多问题所烦扰。最大的问题也许是缺乏尸体；同时也缺乏可信赖的教师来指导他们的工作；而一旦得到了可利用的材料时，往往又缺乏得心应手的工具进行操作。再者，更因为当时还缺乏关于身体各部分器官名称的标准术语，以致他们的任何观察都难于与同行们交流。关于解剖的描述，是用希腊语、拉丁语、阿拉伯语和本国语言混乱地写成的。同一个器官有着不同的名字，而同一个名字又可能代表着不同的器官。
安德列 · 维萨里把他的著作《人体的构造》（1543）看作是自盖仑以来解剖学上的第一个进展。实际上，维萨里是紧接着盖仑进行人体解剖研究的。他主要的革新之处正是直接地观察人的身体，而不是研究盖仑的书本。这个古代的解剖学权威盖仑的威望是这样的显赫，以至于他的论述与尸体的实际状况之间一出现差异，就被说成是自从他那个时代以来，在人体身上发生了变化，或者是畸形。这样，人的大腿骨在盖仑描述它的时代曾经是弯的，而穿裤子使它变直了。雅各布斯 · 西尔维（Jacobus Sylrius，1478 ~ 1555）维护盖仑所说关于人类胸骨是由七块骨头组成的观点，因为在以前英雄辈出的时代，那时人们的胸膛比现在已退化了的人种可以容纳更多的骨头。
在叙述维萨里的生活和工作以前，应该记住解剖学本身是不能解决有机体功能问题的。解决这个问题的先决条件是化学的发展。维萨里的一个特殊的同时代人帕拉塞尔苏斯（Paracelsus），是个化学家和内科医生，他就看不起解剖学的实践。这样，对生物学的发展来说，虽然存在着许多其它道路，而在当时，维萨里的道路却是最适当的，这种情况一直延续到十八世纪末期。
维萨里是少有的结合了学者和科学家两种气质的人。他是一个成熟的艺术家、人文主义者和博物学家。他的伟大著作《论人体的解剖》发表于1543年——和哥白尼天文学方面的革命性著作同一年。哥白尼和维萨里都抛弃了传统的腐朽知识，试图把近代科学提高到至少像在希腊已达到的水平。尽管维萨里抛弃了盖仑的错误，他却具有与他前辈一样共同的愿望，即要用结构和功能的术语来说明机体的活动，以此来阐明伟大工匠——造物主——的杰作。
维萨里生在比利时布鲁塞尔一个医生家庭里。他父亲是查理五世（Charles V）的药剂师，常常随同皇帝外出旅行。还在很小时，他就通过解剖老鼠、鼹鼠、猫、狗和鼬鼠来学习比较解剖学。虽然他在巴黎和卢万（Louvain）的以保守著称的学校里读书，但他内在的好奇心克服了令人窒息的教育的影响。雅各布斯 · 西尔维对巴黎的解剖学有决定性的影响，但他把重点放在盖仑的论述上，而不是放在创造性的工作上。他的教育方式是经院式的，他那本巨大的解剖学教科书也只是对盖仑著作的注解。虽然维萨里做过西尔维的助手，但他很快就与这个老师争论起来。靠着他自己的独立工作，维萨里获得了这样大的尊敬，以至于他被医生和学生们邀请去作公开的解剖表演。在解剖时，他不仅演示了内部器官，而且还显示了肌肉、神经、血管和骨骼。
维萨里对那些医学教授越来越不满。这些教授只读过盖仑的书，而且只受过经院传统的解剖学训练。维萨里经常与他们争论。在战时、他这种敌国侨民的危险身份迫使他不等到毕业就离开了巴黎。
在卢万短暂的停留中，他解剖了一个十八岁少女的尸体。她的伯父认为她是由于中毒而身亡。维萨里则凭着他熟练的人体解剖知识，认为这女孩是由于腰带束得太紧而死的。他说，在公开解剖演示的消息传出来以后，许多宫廷妇女回到家里就脱去了那些过紧的腰带。这段时期内妇女时髦服装式样的更改，也许是由于维萨里的关系。
对卢万的解剖学家来说，获得人类尸体是最大的困难。因此尸体解剖的机会是非常稀少和偶然的，女尸更特别稀少。在1357 ~ 1542的几年间，维萨里自己只解剖过六具女尸。由于医学院学生需要观看人体解剖，教师有时候就会鼓励学生通过“非法途径”去搞到所需要的材料。早在1319年，就有四个医学院学生被控犯有盗墓罪。在整个学习期间，医学院的学生也许只能看见两次男尸解剖和一次女尸解剖，由此来获得启蒙知识。一般来说，骨学也是必修课。要获得一副完整的骨骼便全要靠学生的机灵了。在墓地上，勇敢的年轻人至少可以从凶猛的野狗嘴里抢得一些对教学有用的材料。维萨里自己也叙述过，为了获得尸体，他本人不得不进行的这种冒险。有一次，他偷了留在绞刑架上的一副犯人骨骼。他把一部分骨头藏在大衣底下带进了城镇、藏在床底下。这样经过了好多天才取得了一副完整的骨骼。后来维萨里出了名到处旅游，进行解剖学的公开讲演时，便常常听到这种盗墓事件了。
听说宗教裁判所对他的异端活动很注意，维萨里便来到了帕多瓦（Padua）。1537年12月他在医学院毕业以后，很快就担任了解剖和外科教授。在巴黎时，他曾打算改革学校的课程，但没有成功。帕多瓦大学是一所比较开明的学校，在这里维萨里进行了许多改革。其中最主要的革新是解剖和演讲同时进行，不需要助手。数百个听众参加维萨里进行的完全新型的解剖实验。他毫不掩饰对那些反动同行们的恶感。他对学生们说，从一个肉店屠夫身上也可以比从那些傻瓜教授身上学到更多的东西。他强调要重新观察人体，不应该依赖于盖仑的结论，因为盖仑从来没有机会亲身解剖过人体。在1540年，维萨里装配了一副猿的骨骼和一副人的骨骼，进行了一次戏剧性的表演。单就骨骼系统，他就可以找出二百多个与盖仑所说的不同之处，而盖仑的论述则是错误的。
像哥白尼使得关于宇宙——宏观世界——的概念起了革命性的变化一样，维萨里也影响了关于人——微观世界——的概念。虽然他在《构造》—书中仍然有些盖仑主义的错误。但是他终究接近了这样一个目标：“真实地描写人体的构造，而不管这种描写与古代权威的观点有什么不同”。他的工作激怒了那些盖仑的忠实信徒，他们谴责《构造》一书和他的作者。仇敌们甚至荒谬地控告他用活人来做解剖，以此作借口来反对维萨里。他以前的老师也称呼他是“疯子”。
在当时，甚至出版这样一种具有革命精神的著作都需要相当的勇气和独立思考的精神。巴塞尔的约翰尼斯 · 奥普吕纳斯（Johannes Oporinus，1507 ~ 1568）印刷和出版了《结构》一书，他还曾参加过其它一些危险事业。他担任过爱争论的帕拉塞尔苏斯的秘书，也是殉难的塞尔维特（Servetus）的保卫者和朋友，并为出版《古兰经》的拉丁文译本而坐过牢。
在受到了强烈的反对后，维萨里决定放弃研究，退出学术界。和他的父亲一样，他也成了西班牙查理五世皇帝的御医，并把《构造》—书呈献给皇帝。一旦为皇帝服务以后，他就再没有时间来进行研究和写作了。
人体的构造
在《人体的构造》一书中，维萨里以一篇保卫科学的前言开头。他提醒人们注意两方面的危险：来自阻碍科学和艺术发展的危险和来自过分专业化所造成的危险。他慷慨地对查理皇帝和帕多瓦大学说了一大堆赞扬的话，也赞扬了威尼斯参议院对学术活动公正的支持。他的一些论述对现代的研究仍很有用。
书的第一卷专门论述支持整个身体的骨骼，第二卷论述“运动的执行者”肌肉。很清楚，这两个部分都是十六世纪解剖学上最成功的部分。第三卷描述了脉管和动脉系统。静脉系统仍被认为是最重要的，尤其是当时社会上还习惯地应用静脉切开放血术。由于当时相信动脉和静脉的作用已经是非常清楚了，维萨里断言没有必要再用活体解剖来研究这些系统。显然，静脉是用来运送营养物质的。维萨里写道：“造物主创造静脉的基本理由就是让它们把血液输送到身体的各个部分，并且像渠道一样，身体的各个部分都可以从中吸取养料。”他知道在活体内，动脉能够搏动，输送血液。但他却加强了普遍所相信的观念，即它们的作用是输送生命固有的热量和生命的灵气。第四卷专门论述神经系统。为了和盖仑的生理学观点一致，神经的作用被描述成是传递知觉的灵气。对腹部的内脏器官和生殖器官的描述包含在第五卷中，写得相当好。第六卷叙述了胸部的内脏器官。在第七卷中，他描述了脑子、脑垂体和眼睛。最后以动物的活体解剖一章总结全书。他确实在动物身上进行过活体解剖，但并没有从中发现新的生理学真理。一般来说，他向学生们推荐这样的活体解剖练习，以训练他们的手和感觉，以便适应于进行外科手术和使伤口愈合的需要。
在德国，这个时期不停地进行着的宗教斗争，妨碍了与人的本质有这么密切关系的领域中的任何严肃的科学进展。帕多瓦大学的学术传统从维萨里一直传到福楼比斯、法布里修斯（Fabricius），最后在威廉 · 哈维（William Harrey）的革命性工作中达到了顶点。是哈维，在他的关于心脏和循环系统的分析中，最后地取得了在生物学研究中从观察结构发展到阐述功能这样一个巨大进步。
与他在解剖学方面的成功相反，维萨里在生理学方面并没有比亚里士多德和盖仑取得多大的进步。消化被混乱地解释成在腹腔内对食物的“烹调”；呼吸，是为了冷却血液；关于生殖与胚胎的观点也与亚里士多德相似。令人非常奇怪的是他不能正确地评价心脏与循环系统的作用。尽管他详细地描述了心脏的结构，也解剖了动脉、静脉和静脉瓣膜，但他还是接受了盖仑关于这些器官功能的思想。他在心脏的中隔上仔细寻找微孔，但始终未能找到，因此他认为这些微孔不是不存在，就是太小了而肉眼看不到。虽然在《构造》第二版中，他明确地表明不可能找到任何完全穿透中隔的通道，但是他并没有抓住这个异常之处来否定盖仑的系统，只是对这难以理解的现象感到惊奇而已。
维萨里对解剖是这样的熟练精通，却又不能进一步理解其生理上的重要性，这似乎是个欠缺。但是以这样高的要求对待他又似乎不太合理。关于循环的问题是如此紧密地与神学上“灵气”分配问题相联系，因此，这不可能是个安全的研究课题。而且维萨里的言行已经吸引了宗教法庭恶毒的眼光。但是我们也可以看出，维萨里虽然具有强大的分析能力，却又缺乏某种想象能力，所以不能正确地评价生物体动态的功能。
维萨里规劝他的学生和医生们，不要从盖仑的解剖学著作中去学习，而只能从完全可信的人体这本书中去学习。他痛斥解剖讲演中“可恶的程序”。无知的助手在解剖尸体，而有学问的教授则“像个寒鸦，高高地栖息在椅子上，极端傲慢地呱呱讲着那些他自己从来没有调查过的东西，……”。解剖学课程就是这样误人子弟地进行着，以至于一个医学院的学生从一个屠夫那儿也能比从教授那儿学到更多的东西！
尽管维萨里对解剖学有深刻的影响，但解剖学家们仍然把身体的结构看成为同盖仑所说的那样。这些与难以得到人的尸体作解剖有关，解剖学家不得不经常使用与盖仑所用过的相同的动物来阐明他们所要研究的器官。当人们清楚地看到狗的肝是五叶时，他们便与盖仑一样以为人的肝也有五叶，尽管维萨里已经指出在人体内的情况并非如此。维萨里认为，盖仑的“神奇的迷网”很难在死了很久的人体内找到。在早期的研究阶段，他总是带着牛头或羊头，以证明尽管在人的脑部很难找到这种血管网结构，但在牛脑的基部确实可以找到。事实上，人的脑部并不存在这类结构。为此，维萨里在后来，也对自己年轻时对盖仑的这种轻信感到奇怪。
如果对盖仑的大多数错误并没有从解剖学中彻底地清除出去感到难以理解，那么可以把文艺复兴时期的解剖学家比作一个现代的大学生，这个大学生正在实验室里进行一个标准的“食谱式”的实验。这样，这种现象就容易理解了。这个大学生并不抱希望发现任何新的东西。他做这个实验仅仅是复习或者验证已经接受的概念，或者是学习一种标准的实验程序。正是按照这种方式，这些文艺复兴时代的解剖学家们在进行解剖时，也只是为了使事实与他们从古代权威那里学来的东西相符合而已。
文艺复兴时期科学的另一个侧面：炼金术
文艺复兴时期的生物学并非都是建筑在解剖学研究上的。事实上，另一类研究者完全地否认解剖学，认为它与人体的健康和疾病、生和死毫不相干。这些神秘主义者和激进主义者埋头于古老的、模糊和神秘的哲学以及炼金术的技术之中。
我们今天所知的化学是建立在约翰 · 道尔顿（John Dalton，1766 ~ 1844）的原子论基础上的。它是一门较为年轻的科学。而化学技术的根基却可回溯到最早期文明中制造玻璃、金属、胶结剂、香水、医药和酒精饮料等等的技术中。古代的萨马利亚人掌握了制造玻璃“宝石”和伪金的技术。古代关于化学技术的记载指出，为了使那些模糊不清难以理解的过程标准化，要举行复杂的仪式。冶金术是化学最重要的基础之一，其中矿石的熔炼被解释为是把矿石变成了金属。这样，制造青铜和铁/提纯黄金和白银等技术的进步，对掌握这种技术的社会来说，具有明显的经济上的重要性，也是强大实力的一个来源。因此，这种冶炼过程通常是家族间或行会间严格保守的秘密。
吸收和改革了原始化学技术和哲学的炼金士们，经常被人们认为是庸医、骗子和傻瓜而遭到非难。然而炼金士在生物学历史上却应占有一定的地位，因此他们是第一批企图对生物体进行化学分析的人。这并非全都是因为他们是有理性的科学家或者是萌芽中的生物化学家，而是因为他们认为整个宇宙都是有生命的，他们并没有把研究范围限制在无机界。他们的知识系统以一种复杂、模糊和神奇的神学和哲学理论为基础。但是他们的技术，包括蒸馏技术和升华技术，却是对古代方法相当尖端的改进。
按照最基础的炼金术传说，贵金属的种子是藏在贱金属中的。如果知道了正确的条件和方法，就可以促使这些种子生长。普通的原料除了具有已知的、肉眼能够看到的性质以外，还具有人们未知的其他性质。这些，炼金士是正确的。在寻找这些隐藏性质的时候，他们有时候也会得到有价值的产物。例如，在从葡萄酒中蒸馏出“精华”时，他们发现了一种烈性液体，这种液体可以“增强意识”。它和炼金士们制备的兴奋剂同样是有用的药物。
在巴比伦、中国、印度、希腊和穆斯林的文明中都有炼金士的哲学。炼金术并不起源于经验的科学，而是起源于寻找一种能控制热情、婚姻、生长、死亡和使物质相互转变的方法。这样，米歇尔 · 伊利亚德（Mircea Eliade）把炼金术说成是“神圣的科学”。当炼金术让位给刚萌芽不受宗教影响的实验化学时，它就失去了在当时社会中古老的“合法化”地位和所有的存在理由了。
炼金术的传统产生了一个叫做菲利普斯 · 奥里欧勒斯 · 特奥菲拉斯特 · 博姆巴斯茨 · 冯 · 霍恩海姆 · 帕拉塞尔苏斯（Philippus Aureslus Theophrastus Bombastus von Hohenheim Paracl-lsus，1493 ~ 1541）的滑稽而富有创造力的人。还好，人们最熟悉的他的名字叫做帕拉塞尔苏斯，也许是表明他比塞尔苏斯（Celsus）更高明的意思吧。可能就是这个奇怪的人，引起了克里斯托弗 · 马洛（Christopher Marlaw）写作“浮士德”的灵感。他是那些强烈地希望“通过化学使生活更美好”的人们最合适的祖先。
新的疾病——新的药物
帕拉塞尔苏斯以一个化学家的身份探索着生理学和病理学的问题，否定了传统的对待疾病的方法。他不像学院出身的医生那样强调解剖学，因为他觉得这与生病过程毫无关系。由于他相信生命是个化学过程，因此必然地认为疾病是由于身体内部化学的缺陷造成的，而由于他的生理学是奠基于炼金术的概念之上的，因此必然是晦涩难解和神秘玄妙的了。
当帕拉塞尔苏斯在与古代的哲学学派斗争时，可悲的自相矛盾之处是他必须提供一个新的系统来取代他所攻击的老系统。他的失败并非由于他没有努力尝试，而是因为包围着他的浓重的炼金术的神秘主义阻碍了他。尽管他企图改革炼金术的理论，但对他所喜爱的科目的真实热爱之情是这样的神奇，以至于阻止了他进行任何理性的系统化总结。古希腊的原则明显地不适应于现代化学的发展。但是除了炼金士们的工作以外，在当时没有任何其他更好的东西可以代替它。帕拉塞尔苏斯认为有三种化学元素：盐是固体的元素；硫是易燃性和可锻性的元素；汞则是液体性、密度性和自然界中金属性的元素。解释这些元素，不能仅仅依靠猜测，而需要通过应用炼金术的伟大分析工具——火，进行经验的探索。
按照帕拉塞尔苏斯的观点，任何生理过程基本上都是化学变化。这种变化是由“阿契厄斯”（archeus）即身体“内部的炼金士”来控制的。疾病是由于阿契厄斯的机能错误，而死亡则是由于失去全部的阿契厄斯。他教导说，可以像一个人分析化学药品那样来分析人的疾病。他制定了一个把疾病按病因分类的大纲。这个大纲虽然主要是建筑在占星术概念的基础之上的，但确实产生了很有用的衍生物。例如，他假定有一组与酒石酸有关的疾病，如痛风与关节炎，从而引进了一种新陈代谢疾病的概念。他认为痛风是一种原来应该排泄出去的代谢产物沉积在某处引起的。这样实际上是体内化学发生了故障。帕拉塞尔苏斯似乎已经了解到甲状腺肿与呆小症之间的关系。他也许还是阐述职业病的先驱。他认为不同的疾病各有其特殊的原因，因此应该用特殊的药物来治疗。这与当时流行的应用多种药物配成的混合剂“多用药”形成尖锐的对比。某些混合剂如普通的“万灵药”竟包含着六十多种不同的成分。药剂师们还喜欢把有害的物质如畜粪和尿，以及昂贵的外来品如木乃伊粉、毒蛇肉、“单角兽”的角磨成的粉加入药中来装饰自己的药物，使它显得贵重。
通过提倡应用“纯粹的”药物而不是应用复杂的不确定的混合剂，帕拉塞尔苏斯指出了一条合理的化学药理学途径。在提纯药物和毒物时，炼金士们还研究化学药品少到怎样一种程度，仍然能对人体有很大的效果。然而他们可能是在某些占星术的概念，诸如七个行星、七种金属和人体的各个部分相对应等等的指导下寻找有用药剂的。“植物外部特性学说”在寻找新药的努力中也能提供线索。这意味着自然界的物体被造物主打上了某些供人利用的标志。一种黄色的药将用于治疗黄疸病，而一种心脏形状的叶子则被认为可以治疗心脏病。帕拉塞尔苏斯主义者采用了这句格言：“烈药治烈病”。因此在治疗梅毒时，宁可选用大剂量的汞，而不用普通流行的但却毫无效果的“圣木”。
帕拉塞尔苏斯及其追随者为药理学引进了许多重要的矿物质。他们喜欢使用汞、锑、铅、硫、铁、碑、硫酸铜和硫酸钾。幸运的是病人在服用他们的药品时，往往还没来得及吸收到足以致死的剂量时就引起了呕吐，从而免于一死。帕拉塞尔苏斯特别喜爱的两种药品是鸦片酊和乙醚。乙醚被他称作“甜矾”（由酒精和硫酸制得）。虽然他已认识到乙醚具有麻醉作用，但是直到十九世纪四十年代，经过在人和鸡身上的试验以后，乙醚才作为麻醉剂正式使用。
帕拉塞尔维斯引进的许多概念已被证明为对发展科学的药理学和把生理学作为化学过程来研究是很有价值的。虽然他的观念奠基于炼金术和占星术之上，这些观念与现代真正的科学全然不同，但它们充满想象力和富有远见的特点仍然给人以深刻影响。在结束关于帕拉塞尔苏斯的讨论以前，我们不应该遗漏这样一个事实：盖洛普民意测验的资料表明，直到1975年，还有百分之二十二的美国成年人仍然相信占星术。
[A History of the Life & Sciences]